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Chlamydia trachomatis et sexualité
L’infection à Chlamydia trachomatis est une infection sexuellement transmissible bactérienne fréquente. Elle touche les muqueuses génitales, rectales, pharyngées ou conjonctivales selon les pratiques sexuelles et le site exposé. Les formes urogénitales habituelles sont dues aux génotypes D à K. La lymphogranulomatose vénérienne, ou LGV, correspond aux génotypes L et donne surtout des atteintes anorectales.1
Le terme « chlamydiae » reste fréquent dans les anciens cours et certains documents. La formulation actuelle la plus précise est infection à Chlamydia trachomatis, ou chlamydiose lorsque l’on désigne la maladie. La particularité clinique de cette infection est sa fréquence élevée de formes peu symptomatiques, alors que les complications peuvent être importantes lorsqu’elle persiste, se transmet ou remonte vers les voies génitales hautes.
Chlamydia trachomatis : agent infectieux, sites exposés et transmission
Chlamydia trachomatis est une bactérie intracellulaire obligatoire. Elle se transmet lors de contacts sexuels exposant une muqueuse à des sécrétions infectées : rapports vaginaux, anaux, oraux, contact oro-génital ou oro-anal, partage de sextoys insuffisamment protégés ou nettoyés, et plus rarement contact oculaire manuporté. Une transmission au nouveau-né peut survenir lors de l’accouchement, avec risque de conjonctivite ou de pneumopathie néonatale.
Le site infecté dépend du site exposé. Une personne ayant un pénis peut avoir une infection urétrale, rectale, pharyngée ou conjonctivale. Une personne ayant une vulve, un vagin ou un col de l’utérus peut avoir une cervicite, une urétrite basse, une atteinte rectale, pharyngée ou conjonctivale. Les symptômes urinaires peuvent mimer une infection urinaire basse. Chez les personnes trans et non binaires, le choix des prélèvements dépend de l’anatomie présente, des pratiques, des symptômes et des éventuels traitements hormonaux ou chirurgicaux, sans déduire les organes ou les pratiques sexuelles de l’identité de genre ; des repères pratiques sont détaillés dans l’article sur la santé sexuelle des personnes non binaires.
Épidémiologie
En France, Santé publique France estime qu’en 2024, 3,4 millions de personnes ont été dépistées au moins une fois pour une infection à Chlamydia trachomatis, soit 50 dépistages pour 1 000 habitants. Le dépistage reste plus fréquent chez les femmes, avec 67 dépistages pour 1 000 femmes contre 31 pour 1 000 hommes. Chez les femmes de 15 à 25 ans, le taux atteint 155 pour 1 000. Le taux de dépistage a augmenté de 162 % entre 2014 et 2024. Cette hausse inclut les tests PCR chlamydia/gonocoque réalisés en laboratoire sans ordonnance pour tous les assurés, et gratuitement pour les moins de 26 ans dans le cadre de « Mon test IST » depuis septembre 2024. Ces estimations proviennent notamment du Système national des données de santé (SNDS), exploité par Santé publique France.2
Dans l’étude PrévIST 2023, la prévalence de l’infection à Chlamydia trachomatis chez les personnes de 18 à 59 ans résidant en France hexagonale était estimée à 0,93 % chez les femmes et 0,58 % chez les hommes. Les estimations les plus élevées concernaient les 25-29 ans, avec 3,9 % chez les femmes et 6,7 % chez les hommes, mais les intervalles de confiance étaient larges.3
En 2024, l’indicateur SNDS « diagnostics en secteur privé et traités » utilisé par Santé publique France estime qu’environ 61 100 personnes ont eu une infection à Chlamydia trachomatis diagnostiquée puis traitée, soit 89 diagnostics traités pour 100 000 habitants. Dans ce libellé, « secteur privé » renvoie aux données de remboursement de l’Assurance maladie permettant de chaîner un test et un traitement antibiotique adapté ; les diagnostics réalisés en CeGIDD sont comptés séparément par la surveillance SurCeGIDD. Les hommes représentaient 56 % des cas dans cet indicateur. Les taux restent particulièrement élevés chez les jeunes femmes de 15 à 25 ans, avec 306 diagnostics traités pour 100 000, et chez les hommes de 26 à 49 ans, avec 205 diagnostics traités pour 100 000. Les centres gratuits d’information, de dépistage et de diagnostic (CeGIDD) ont rapporté environ 22 200 diagnostics supplémentaires en 2024, avec des signes cliniques d’IST identifiés dans seulement 21 % des cas diagnostiqués.
En CeGIDD, environ 306 000 dépistages gratuits de l’infection à Chlamydia trachomatis ont été rapportés en 2024. Le taux de positivité était de 7,6 % : 7,9 % chez les femmes cis, 7,4 % chez les hommes cis et 6,4 % chez les personnes trans. Lorsque les pratiques sexuelles étaient connues, la positivité atteignait 8,5 % chez les femmes hétérosexuelles, 7,8 % chez les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes, 7,4 % chez les hommes hétérosexuels et 5,3 % chez les femmes ayant des rapports sexuels avec des femmes. Dans ce cours, l’acronyme HSH désigne les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes, quelle que soit l’orientation sexuelle déclarée.
Dépistage et diagnostic
Le diagnostic biologique repose sur une PCR, techniquement appelée test d’amplification des acides nucléiques ou TAAN dans les recommandations. En pratique, les ordonnances et les comptes rendus utilisent le plus souvent le terme PCR. La prescription doit nommer les sites à prélever selon les pratiques et les symptômes : premier jet d’urine ou prélèvement de pus urétral en cas d’écoulement chez une personne ayant un pénis, auto-prélèvement vaginal ou prélèvement vaginal réalisé par un professionnel chez une personne ayant un vagin, prélèvement rectal, prélèvement pharyngé, prélèvement conjonctival si atteinte oculaire. Pour une infection urogénitale chez une personne ayant un vagin, le prélèvement vaginal est préféré au prélèvement urinaire. L’auto-prélèvement vaginal est généralement fiable et mieux accepté qu’un examen au spéculum lorsqu’aucun examen clinique n’est nécessaire.
La sérologie Chlamydia trachomatis n’a pas de place dans le dépistage ni dans le diagnostic des infections génitales basses, rectales ou pharyngées. Elle peut garder un intérêt dans certaines infections génitales hautes lorsque le prélèvement direct est impossible ou dans des bilans spécialisés, mais elle ne remplace pas la PCR sur le ou les sites exposés.1
Les recommandations 2025 retiennent un dépistage systématique chez les femmes sexuellement actives de 15 à 25 ans, répété en cas de nouveau partenaire, et un dépistage opportuniste ciblé chez les personnes ayant au moins deux partenaires dans l’année, un changement récent de partenaire, un partenaire diagnostiqué pour une IST, un antécédent d’IST, une activité de travail du sexe, une consultation après violence sexuelle, ou une autre exposition à risque. Chez les HSH ayant des partenaires multiples, le dépistage doit être multisite et répété tous les trois mois. Chez une personne enceinte, un dépistage est recommandé au premier trimestre avant 25 ans et lors d’une consultation d’interruption volontaire de grossesse.
Le bilan associe la recherche de Chlamydia trachomatis et du gonocoque sur les sites exposés. Selon les sites exposés, les symptômes, les partenaires et le délai depuis le dernier rapport, il peut aussi comprendre un dépistage du VIH, de la syphilis, des hépatites B et C, une discussion sur le TPE si l’exposition au VIH date de moins de 48 heures, et une discussion sur la PrEP VIH lorsque les expositions se répètent. TPE signifie traitement post-exposition. PrEP signifie prophylaxie pré-exposition.
Tableaux cliniques
L’incubation est souvent de 5 à 15 jours, avec de nombreuses formes asymptomatiques. Une urétrite peut donner un écoulement discret, parfois surtout matinal, une gêne urétrale, un prurit canalaire, des brûlures mictionnelles, une dysurie ou une pesanteur génitale. L’écoulement est souvent moins purulent et moins abondant que dans la gonococcie. La clinique ne permet pas de distinguer de façon fiable une infection à Chlamydia trachomatis, une gonococcie ou une infection à Mycoplasma genitalium.
Une cervicite peut donner des leucorrhées, des métrorragies, un saignement provoqué, une dysurie, une dyspareunie ou des douleurs pelviennes. L’examen au spéculum peut retrouver un col inflammatoire, friable, mucopurulent ou hémorragique. Un examen normal n’écarte pas l’infection. Une plainte de « cystites à répétition » avec cultures urinaires négatives, brûlures urinaires, pollakiurie ou pyurie stérile doit faire rechercher une IST, notamment Chlamydia trachomatis et gonocoque.
La localisation rectale peut rester asymptomatique. Lorsqu’elle est symptomatique, elle peut donner douleurs rectales, ténesme, faux besoins, écoulement muco-purulent ou rectorragies. Une ano-rectite très douloureuse, avec rectorragies, ténesme marqué, adénopathies ou altération de l’état général, doit faire rechercher une LGV. La localisation pharyngée est le plus souvent asymptomatique ; lorsqu’elle est parlante, elle donne surtout une pharyngite ou une odynophagie modérée. La conjonctivite à Chlamydia trachomatis peut être unilatérale, durer plusieurs semaines ou résister aux collyres antibiotiques usuels ; elle nécessite un prélèvement conjonctival et une prise en charge adaptée.
Chez le nouveau-né exposé lors de l’accouchement, l’infection peut se manifester par une conjonctivite ou une pneumopathie. Chez l’enfant en dehors de la période néonatale, une infection à Chlamydia trachomatis impose une prise en charge pédiatrique spécialisée et une évaluation médico-légale lorsqu’une exposition sexuelle est possible.
Complications
Chez une personne ayant un col de l’utérus, l’infection peut remonter vers l’endomètre et les trompes. Une infection génitale haute peut donner douleurs pelviennes, douleur annexielle, douleur à la mobilisation du col, métrorragies, dyspareunie profonde, fièvre ou syndrome inflammatoire, avec un tableau parfois discret. Les complications possibles sont les douleurs pelviennes chroniques, l’infertilité tubaire et la grossesse extra-utérine. Une douleur pelvienne aiguë, une fièvre, une douleur à la mobilisation du col, un retard de règles, un test de grossesse positif, des métrorragies ou une douleur importante imposent une évaluation rapide.
Chez une personne ayant des testicules, une orchi-épididymite peut donner douleur testiculaire, augmentation de volume du scrotum, douleur de l’épididyme, fièvre ou signes urinaires associés. Toute douleur testiculaire aiguë impose aussi d’éliminer une torsion testiculaire. L’ancienne expression « syndrome de Fiessinger-Leroy-Reiter » désignait une arthrite réactionnelle associant urétrite, conjonctivite et atteinte articulaire. Le terme actuel est arthrite réactionnelle ; l’éponyme Reiter est aujourd’hui évité.
La LGV donne une forme plus invasive. La forme rectale peut ressembler à une rectocolite inflammatoire ou à une autre ano-rectite infectieuse, avec douleurs, ténesme, écoulement, rectorragies et parfois adénopathies. La forme génitale peut débuter par une ulcération transitoire puis des adénopathies inguinales douloureuses. La recherche du génotype L doit être demandée sur un prélèvement anorectal positif à Chlamydia trachomatis devant une ano-rectite sévère, des rectorragies, un ténesme marqué, des adénopathies, une altération de l’état général ou une exposition sexuelle anale compatible.4
Retentissement sexuel et relationnel
Une infection à Chlamydia trachomatis peut retentir sur la sexualité au-delà des symptômes. Les douleurs, écoulements, saignements, odeurs, brûlures urinaires, dyspareunies, douleurs anales ou douleurs pelviennes peuvent modifier le désir, l’excitation, la lubrification, l’érection, l’éjaculation, l’orgasme, la confiance corporelle et la disponibilité sexuelle. La peur d’avoir contaminé un partenaire, la découverte d’une infection asymptomatique, l’annonce aux partenaires ou la crainte d’un jugement peuvent aussi peser sur la relation.
L’entretien précise les sites exposés, les pratiques récentes, les protections utilisées, la chronologie des rapports et des symptômes, les symptômes des partenaires, les dépistages antérieurs et les éventuels rapports depuis le début des symptômes. Ces informations guident les prélèvements, le traitement des partenaires et la prévention des réinfections. Le temps médical consacré au diagnostic et à la prévention doit rester séparé d’une exploration sexologique du vécu corporel, relationnel ou émotionnel.
Traitement
Le traitement de référence des infections non compliquées à Chlamydia trachomatis repose en 2025-2026 sur la doxycycline 100 mg deux fois par jour pendant 7 jours. L’azithromycine 1 g en prise unique garde une place lorsque la doxycycline est contre-indiquée ou non adaptée, avec des limites particulières pour les infections rectales. Les situations de LGV, d’orchi-épididymite et d’infection génitale haute nécessitent des durées ou des associations différentes. Les recommandations de la Haute Autorité de santé et du Centre national de référence des IST (HAS/CNR IST) 2025, ainsi qu’Antibioclic vérifié le 7 juillet 2026, convergent sur ces points.15
La doxycycline doit être prise avec un grand verre d’eau, pendant un repas si besoin, en évitant de s’allonger dans l’heure qui suit la prise. Une photoprotection est nécessaire, car la molécule peut favoriser les réactions au soleil. Les fluoroquinolones, comme ofloxacine ou lévofloxacine, sont des alternatives de troisième intention et doivent rester limitées en raison de leurs effets indésirables et des enjeux de bon usage antibiotique.
| Situation | Conduite pratique | Traitement ou adaptation |
|---|---|---|
| Infection urogénitale basse non compliquée, symptomatique ou asymptomatique. | Prescrire ou réaliser, avant traitement lorsque la situation clinique le permet, une PCR ciblant Chlamydia trachomatis et le gonocoque sur les sites exposés. Proposer les autres dépistages selon les sites exposés, les symptômes, les partenaires, une grossesse éventuelle, le délai depuis le dernier rapport et les antécédents d’IST. | Doxycycline 100 mg par voie orale deux fois par jour pendant 7 jours. |
| Contre-indication à la doxycycline, impossibilité d’observance ou situation où la doxycycline n’est pas adaptée. | Vérifier le site infecté, car l’azithromycine est moins satisfaisante pour certaines localisations rectales. | Azithromycine 1 g par voie orale en prise unique. En troisième intention : ofloxacine 200 mg deux fois par jour pendant 7 jours ou lévofloxacine 500 mg par jour pendant 7 jours. |
| Grossesse. | Traiter sans délai, rechercher les co-infections et organiser un contrôle microbiologique. La conduite dépend du trimestre. | Au premier trimestre, la HAS 2025 retient doxycycline 100 mg deux fois par jour pendant 7 jours. Aux deuxième et troisième trimestres, azithromycine 1 g en prise unique. Si doxycycline et azithromycine sont contre-indiquées : avis spécialisé ; l’érythromycine peut être discutée selon les recommandations. |
| Allaitement. | Tenir compte de l’âge du nourrisson, de la prématurité éventuelle et de la durée du traitement. | Une cure courte de doxycycline pendant 7 jours peut être retenue lorsque le traitement est indiqué. L’azithromycine est une alternative si la doxycycline n’est pas adaptée.6 |
| Infection rectale non LGV. | Demander un prélèvement rectal pour PCR. Rechercher une LGV si l’ano-rectite est sévère, avec rectorragies, ténesme marqué, adénopathies, altération de l’état général, ou exposition sexuelle anale compatible. | Doxycycline 100 mg deux fois par jour pendant 7 jours. Si azithromycine est utilisée pour une infection rectale, un test de contrôle à 4 semaines est recommandé. |
| Infection pharyngée ou conjonctivale non compliquée chez l’adulte. | Prélever le site atteint. Rechercher les autres sites exposés. | Doxycycline 100 mg deux fois par jour pendant 7 jours. Adapter en cas de grossesse ou de contre-indication. |
| LGV confirmée ou fortement suspectée. | Demander le génotypage L sur le prélèvement positif si possible. Rechercher autres IST, VIH, syphilis et partenaires exposés. | Doxycycline 100 mg deux fois par jour pendant 21 jours. En deuxième intention : azithromycine 1 g par semaine pendant 3 semaines. Avis spécialisé si forme sévère, grossesse complexe, échec ou doute diagnostique. |
| Urétrite ou cervicite avec gonocoque non exclu au moment de traiter. | Le prélèvement doit rechercher Chlamydia trachomatis et gonocoque. Si le tableau impose un traitement probabiliste avant résultat, couvrir les deux germes. | Doxycycline 7 jours pour Chlamydia trachomatis, associée au traitement du gonocoque selon les recommandations en vigueur, généralement ceftriaxone 1 g par voie intramusculaire ou intraveineuse en dose unique. |
| Orchi-épididymite avec suspicion d’IST. | Rechercher douleur testiculaire aiguë, torsion, fièvre, signes de gravité et nécessité d’avis urologique. Prélever avant antibiotique si possible. | Doxycycline 100 mg deux fois par jour pendant 10 jours. Associer ceftriaxone 1 g par voie intramusculaire ou intraveineuse en dose unique si gonocoque possible. |
| Infection génitale haute non compliquée. | Évaluer grossesse, douleur pelvienne, fièvre, signes de gravité, abcès tubo-ovarien, doute diagnostique et possibilité de suivi rapproché. Réévaluer la personne dans les 3 à 5 jours. L’échographie ne doit pas retarder le traitement lorsqu’une infection génitale haute est retenue cliniquement. | En ambulatoire : ceftriaxone 1 g par voie intramusculaire en dose unique, doxycycline 100 mg deux fois par jour pendant 10 jours et métronidazole 500 mg deux fois par jour pendant 10 jours. Hospitalisation ou avis spécialisé si forme sévère, grossesse, abcès, sepsis, doute diagnostique ou impossibilité de traitement oral. |
| Partenaire exposé. | Informer et orienter les partenaires des six derniers mois pour évaluation, prélèvements et traitement selon résultat. Si le dernier rapport possiblement contaminant date de moins de 14 jours, le traitement peut être proposé même si la PCR initiale est négative. | Traitement adapté au résultat et à la situation clinique. Rapports protégés ou différés jusqu’à la prise en charge des partenaires et la fin de la période de prévention de transmission. |
| Symptômes persistants, réinfection possible ou résultat positif après traitement. | Rechercher nouvelle exposition, observance incomplète, vomissements après prise, site non prélevé, co-infection, LGV, gonocoque, Mycoplasma genitalium ou complication. | Nouvelle PCR sur les sites exposés, traitement selon résultat et avis spécialisé si échec répété, forme compliquée ou LGV possible. |
Organigramme décisionnel
Suivi, partenaires et prévention
Un contact de suivi précoce, souvent autour de J7 en soins primaires, permet de vérifier l’évolution clinique, relire les résultats microbiologiques et sérologiques, adapter le traitement si nécessaire et s’assurer que les partenaires exposés ont été informés. Ce suivi clinique est distinct du test de guérison microbiologique. Une nouvelle PCR est recommandée 4 semaines après la fin du traitement seulement dans les situations suivantes : grossesse, infection rectale traitée par azithromycine, LGV traitée par une autre stratégie que la doxycycline 21 jours, LGV suspectée sans possibilité de génotypage, symptômes persistants ou doute sur l’efficacité du traitement.
Un nouveau dépistage est recommandé 3 à 6 mois après le traitement pour rechercher une réinfection. Une positivité ultérieure fait rechercher en priorité une nouvelle exposition, un partenaire non traité, une observance incomplète, un site non traité ou une infection associée. Les rapports doivent être protégés ou différés jusqu’à disparition des symptômes et fin du traitement par doxycycline, ou pendant 7 jours après la dernière dose d’azithromycine. La même consigne vaut tant que les partenaires exposés n’ont pas été pris en charge.
L’annonce aux partenaires doit être présentée comme un élément du soin. Elle permet de traiter les personnes exposées, d’éviter les réinfections et de réduire les complications. Le professionnel peut aider à formuler le message, proposer des outils d’annonce anonyme lorsqu’ils existent, et rappeler que le diagnostic ne permet généralement pas de dater avec certitude la contamination. La prévention associe dépistage régulier des sites exposés, préservatifs ou digues dentaires selon les pratiques, vaccination hépatite B si besoin, discussion de la PrEP VIH lorsque les expositions le justifient, et prise en charge rapide en cas de douleur pelvienne, douleur testiculaire, rectorragies, fièvre, grossesse ou symptômes persistants. Chez les personnes sous PrEP VIH avec risque élevé d’IST bactérienne, notamment au moins deux IST dans les douze derniers mois, une prophylaxie post-exposition par doxycycline peut être discutée dans une décision partagée.1
Livres utiles
Référence
Référentiel de maladies infectieuses et tropicales couvrant les IST, le VIH, les infections opportunistes et les stratégies diagnostiques et thérapeutiques.
Référence
Ouvrage médical sur les infections sexuellement transmissibles et leurs diagnostics différentiels dermatologiques, muqueux et génitaux.
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Références
- HAS/CNR IST, traitement curatif des personnes infectées par Chlamydia trachomatis, avril 2025[↩][↩][↩][↩]
- Santé publique France, Surveillance du VIH et des IST bactériennes en France en 2024, bulletin national du 23 octobre 2025[↩]
- Santé publique France, Surveillance du VIH et des IST bactériennes en France en 2024, données PrévIST 2023[↩]
- Santé publique France, Surveillance du VIH et des IST bactériennes en France en 2024, données LGV/Anachla 2024[↩]
- Antibioclic, recommandations vérifiées le 7 juillet 2026[↩]
- LactMed, Doxycycline, données allaitement[↩]
