Mycoplasma genitalium et sexualité

Mycoplasma genitalium et sexualité

Mycoplasma genitalium est une bactérie sexuellement transmissible. Elle peut provoquer une urétrite, une cervicite, une infection rectale, une infection génitale haute ou une orchi-épididymite.

Cette bactérie est dépourvue de paroi ; les bêta-lactamines, qui ciblent la paroi bactérienne, sont donc inefficaces. La prise en charge repose sur une PCR ciblée, la recherche d’une résistance aux macrolides et un traitement antibiotique choisi selon ce résultat.¹

Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis et Ureaplasma : ne pas confondre

Le mot « mycoplasme » regroupe plusieurs espèces bactériennes. Elles ne se valent pas en pratique clinique.

Mycoplasma genitalium n’appartient pas à la flore commensale urogénitale. Sa détection chez une personne symptomatique oriente vers une IST à prendre en charge.

Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum et Ureaplasma parvum colonisent souvent le tractus urogénital, y compris chez des personnes sans symptôme. Leur présence seule ne prouve pas qu’ils sont responsables de la plainte. La HAS les classe comme espèces commensales dans la majorité des situations.

Cette distinction repose sur la différence entre colonisation et infection. Une colonisation correspond à la présence d’une bactérie sur une muqueuse sans lésion ni réaction inflammatoire attribuable. Une infection associe un agent pathogène, un site compatible, des symptômes ou des signes cliniques.

Chez les personnes ayant un vagin ou un col, la détection de M. hominis ou d’un Ureaplasma ne suffit pas à diagnostiquer une cervicite. Chez les personnes ayant un pénis, Mycoplasma hominis et Ureaplasma parvum n’expliquent pas une urétrite. La recherche d’Ureaplasma urealyticum se discute devant une urétrite persistante, après exclusion du gonocoque, de Chlamydia trachomatis et de M. genitalium, avec une technique quantitative et spécifique d’espèce.²

En pratique, l’ordonnance doit éviter la formule vague « recherche de mycoplasmes ». Elle doit préciser l’espèce recherchée, le site prélevé et la recherche de résistance attendue si le résultat est positif.

Une demande trop large peut aboutir à un résultat positif pour M. hominis ou un Ureaplasma, alors que ces espèces sont souvent présentes sans lien avec la plainte. Le risque pratique est de traiter une colonisation ou un microbiote modifié comme une IST.

La recherche d’Ureaplasma urealyticum doit être demandée séparément, en cas d’urétrite persistante après exclusion des causes habituelles, avec une technique quantitative et spécifique d’espèce. Une discussion avec le laboratoire ou un avis spécialisé est souvent utile.³

Les anciens comptes rendus de culture signalaient parfois une « prolifération » de mycoplasmes à 10⁵/mL. Cette valeur décrit une quantité de bactéries cultivées ; elle ne suffit pas à identifier une IST ni l’espèce responsable de la plainte.

Le résultat s’interprète à la lumière des symptômes, de l’examen clinique, du site prélevé et des autres IST recherchées. En l’absence d’urétrite, de cervicite, de symptômes persistants, de partenaire porteur d’une infection documentée à M. genitalium ou d’indication spécialisée, un résultat isolé évoque surtout un portage ou un microbiote vaginal modifié.

Prescrire un antibiotique sur ce seul résultat expose à des effets indésirables et à la sélection de résistances, sans bénéfice démontré pour la personne.²

Mycoplasma hominis et les Ureaplasma peuvent être retrouvés dans une vaginose bactérienne, avec Gardnerella vaginalis, d’autres bactéries anaérobies et une diminution des lactobacilles.

Dans cette situation, le traitement cible la vaginose bactérienne confirmée par les symptômes et le compte rendu microbiologique. Le résultat isolé « mycoplasme » ne change pas la conduite. La prise en charge pratique est détaillée dans le cours sur la vaginose bactérienne et Gardnerella vaginalis.

Épidémiologie

Dans l’étude PrévIST 2023, menée en France hexagonale chez les personnes de 18 à 59 ans ayant déjà eu un rapport sexuel, la prévalence urogénitale de Mycoplasma genitalium était estimée à 2,2 %.

Elle était de 3,06 % chez les femmes et de 1,25 % chez les hommes, selon les catégories utilisées par l’enquête. Les prévalences étaient plus élevées chez les femmes de 25 à 49 ans, chez les femmes ayant eu plusieurs partenaires dans les douze derniers mois et chez les hommes ayant eu au moins un partenaire sexuel masculin dans les douze derniers mois.

Ces données décrivent une présence biologique de M. genitalium, avec ou sans symptôme. Elles ne justifient pas un dépistage systématique en population générale.⁴

M. genitalium garde une place importante dans les urétrites non gonococciques. La recommandation européenne de 2021 estime qu’il représente 10 à 35 % des urétrites non gonococciques non chlamydiennes chez les hommes.

Les recommandations du CDC le situent autour de 15 à 20 % des urétrites non gonococciques, 20 à 25 % des urétrites non gonococciques non chlamydiennes et jusqu’à 40 % des urétrites persistantes ou récidivantes. Ces ordres de grandeur varient selon les populations testées, les pratiques sexuelles, le site prélevé et les méthodes diagnostiques.⁵⁶

La stratégie de dépistage de M. genitalium diffère de celle de Chlamydia trachomatis et du gonocoque. Le dépistage opportuniste d’une personne asymptomatique n’est pas recommandé.

La priorité clinique est de reconnaître les situations symptomatiques, les symptômes persistants après traitement d’une IST et les partenaires actuels d’une personne ayant une infection documentée à M. genitalium.

Transmission, sites exposés et délai clinique

M. genitalium se transmet surtout lors des rapports vaginaux et anaux, par contact direct entre muqueuses.

Le site infecté correspond au site exposé : urètre après exposition génitale ou anale insertive, col de l’utérus ou vagin après rapport vaginal, rectum après rapport anal réceptif. La localisation pharyngée est rare et n’est pas recherchée systématiquement en soins courants.

Une PCR positive documente la présence de M. genitalium sur le site prélevé. Elle ne permet pas de dater la contamination, car l’infection peut rester asymptomatique et être découverte à distance du rapport qui l’a transmise.⁵

En consultation, l’entretien sert à choisir les prélèvements et à repérer une complication. Il précise les rapports depuis le dernier dépistage utile, les sites exposés, les symptômes par site, les antibiotiques déjà reçus et les partenaires actuels à informer.

Une urétrite fait rechercher brûlures mictionnelles, prurit urétral, gêne canalaire ou écoulement. Une atteinte cervicale ou génitale haute fait rechercher leucorrhées, métrorragies, dyspareunie, douleurs pelviennes ou fièvre. Une atteinte rectale fait rechercher douleurs, prurit, ténesme, écoulement ou saignement.

La prescription peut associer, selon les sites exposés, les urines du premier jet, un auto-prélèvement vaginal ou un prélèvement rectal. Les recherches de Chlamydia trachomatis et du gonocoque se demandent sur les mêmes sites. Le bilan est complété par la recherche du VIH, de la syphilis, de l’hépatite B et de l’hépatite C, ainsi que par une discussion sur la PrEP VIH ou du TPE VIH si l’exposition le justifie. TPE signifie traitement post-exposition.

Diagnostic

En pratique, la recherche repose sur une PCR ciblée pour M. genitalium. Les recommandations utilisent le terme technique TAAN, pour test d’amplification des acides nucléiques. Les ordonnances et les comptes rendus utilisent le plus souvent le terme PCR.

Le laboratoire recherche le matériel génétique de M. genitalium sur le site exposé : premier jet urinaire, auto-prélèvement vaginal ou prélèvement rectal selon les symptômes et les pratiques.

La HAS retient quatre indications de PCR ciblée : urétrite ou cervicite aiguë ; symptômes récurrents ou persistants si M. genitalium n’a pas été recherché ; partenaires sexuels actuels d’une personne ayant une infection documentée ; contrôle microbiologique après traitement seulement si les symptômes persistent plus de trois semaines après la fin du traitement.

Le prélèvement privilégié est l’auto-prélèvement vaginal chez les personnes ayant un vagin et le premier jet urinaire chez les personnes ayant un pénis. Les recommandations de traitement 2025 incluent aussi les infections rectales symptomatiques non compliquées. Un prélèvement rectal se discute devant symptômes rectaux ou exposition anale pertinente.²¹

La sérologie n’a pas de place en pratique courante. La culture n’est pas adaptée à la pratique courante car M. genitalium pousse très lentement. Le résultat doit être interprété avec la clinique : une détection isolée chez une personne asymptomatique n’a pas le même sens qu’une détection chez une personne ayant une urétrite, une cervicite persistante ou des douleurs pelviennes.⁶

Toute PCR positive doit être complétée par une recherche des mutations de résistance aux macrolides, si cette recherche n’a pas été faite d’emblée. Les mutations les plus importantes concernent la région V du gène de l’ARN ribosomal 23S, notamment A2058G et A2059G selon la numérotation Escherichia coli.

Le résultat de résistance conditionne le choix de l’antibiotique : azithromycine lorsque la souche reste sensible aux macrolides, moxifloxacine en cas de mutation de résistance.²

Exemples d’ordonnance : « PCR ciblée Mycoplasma genitalium sur premier jet d’urines, avec recherche des mutations de résistance aux macrolides si positif » ; « PCR ciblée Mycoplasma genitalium sur auto-prélèvement vaginal, avec recherche des mutations de résistance aux macrolides si positif ». Selon les symptômes et les sites exposés, la même ordonnance recherche aussi Chlamydia trachomatis et gonocoque, puis le bilan associe VIH, syphilis, hépatites, PrEP VIH ou TPE VIH lorsque l’exposition le justifie. TPE signifie traitement post-exposition.

Tableaux cliniques et localisations

Chez une personne ayant un pénis, M. genitalium peut donner une urétrite avec brûlures mictionnelles, prurit urétral, gêne canalaire, écoulement discret ou symptômes persistants après traitement d’une urétrite initialement attribuée au chlamydia ou au gonocoque. La clinique ne permet pas de distinguer avec certitude les différentes causes d’urétrite ; le prélèvement microbiologique guide la suite.

Chez une personne ayant un vagin ou un col de l’utérus, M. genitalium peut être associé à une cervicite, à des leucorrhées, des métrorragies, une dysurie, une dyspareunie, des douleurs pelviennes ou une infection génitale haute.

Douleur pelvienne, fièvre, douleur à la mobilisation du col, douleur annexielle, grossesse possible, métrorragies ou altération de l’état général imposent une évaluation rapide.

Chez les personnes trans et non binaires, le choix des prélèvements dépend de l’anatomie présente, des pratiques sexuelles et des symptômes. Les organes et les pratiques ne se déduisent pas de l’identité de genre. Des repères pratiques sont détaillés dans l’article sur la santé sexuelle des personnes non binaires.

Les complications documentées comprennent surtout les infections génitales hautes, les salpingites et les orchi-épididymites. Une infection pharyngée à M. genitalium est rare et ne présente pas de rôle pathogène clairement établi dans les recommandations de 2025. Les localisations oculaires ou articulaires relèvent d’un avis spécialisé. Une douleur testiculaire aiguë doit toujours faire éliminer une torsion testiculaire, même si une IST est possible.³

Des associations avec prostatite, infertilité, grossesse extra-utérine, fausse couche spontanée, prématurité, petit poids de naissance et fièvre postpartum ont été décrites, avec un niveau de preuve inégal.

Les données actuelles confirment surtout l’association avec urétrite, cervicite et infection génitale haute. Les liens avec prostatite, infertilité masculine, grossesse et complications néonatales restent plus incertains ou insuffisamment attribuables à M. genitalium seul. En consultation, ces situations appellent une évaluation clinique complète et, selon la gravité, un avis spécialisé plutôt qu’une lecture isolée du résultat de PCR.⁶

Retentissement sexuel et relationnel

Le retentissement sexuel vient souvent des symptômes, de l’incertitude diagnostique, de l’annonce au partenaire, des traitements répétés et de la crainte d’une résistance antibiotique.

Brûlures, écoulement, douleurs pelviennes, dyspareunie, symptômes rectaux ou peur de contaminer peuvent entraîner évitement sexuel, baisse du désir, difficulté d’excitation, trouble de l’érection contextuel, douleur lors des rapports ou tension dans le couple.

Un résultat positif ne permet généralement pas de dater la contamination. Cette limite doit être dite clairement en consultation pour éviter que le résultat devienne une preuve relationnelle ou une accusation.

La discussion avec le ou les partenaires doit rester factuelle. Elle porte sur la nécessité d’un test ciblé, les rapports protégés ou différés pendant la prise en charge, et la recherche des autres IST. Elle ne permet pas d’établir une chronologie fiable des expositions ni d’attribuer une responsabilité à partir du seul résultat microbiologique.

Aucune recommandation actuelle ne retient de lien direct entre Mycoplasma hominis et trouble de l’érection. Devant un trouble de l’érection, l’infection peut peser par la douleur, l’anxiété, la gêne relationnelle ou l’évitement des rapports. L’évaluation médicale recherche aussi les facteurs vasculaires, métaboliques, hormonaux, neurologiques, médicamenteux, psychiques et relationnels décrits dans le cours sur la dysfonction érectile.

Traitement

Le traitement de l’infection à M. genitalium repose sur deux résultats : la PCR positive et la recherche de résistance aux macrolides.

Les macrolides sont la famille de l’azithromycine. Les fluoroquinolones sont la famille de la moxifloxacine. L’azithromycine est réservée aux souches sans mutation de résistance aux macrolides. La moxifloxacine est utilisée en cas de résistance, d’échec de l’azithromycine ou de facteur de risque de résistance lorsque la recherche de résistance n’est pas disponible.

Si les symptômes sont modérés, sans signe de complication, et qu’un suivi rapproché est possible, il faut attendre le résultat de la PCR et de la recherche de résistance avant de traiter. Si l’antibiothérapie ne peut pas être différée, un avis spécialisé rapide permet d’organiser un traitement séquentiel guidé par la résistance : doxycycline en première phase, puis relais adapté au résultat de résistance aux macrolides.¹⁸

Si la souche reste sensible aux macrolides, le schéma recommandé est azithromycine 1 g à J1 puis 500 mg par jour à J2 et J3, soit 2 g sur 3 jours.

En cas de mutation de résistance aux macrolides, la moxifloxacine est recommandée à 400 mg par jour pendant 7 jours pour une infection symptomatique non compliquée.

En cas d’échec de l’azithromycine et/ou de la moxifloxacine, ou de résistance multiple, la HAS cite des schémas de troisième ligne sous avis spécialisé : doxycycline 100 mg deux fois par jour pendant 14 jours, doxycycline 100 mg deux fois par jour pendant 7 jours puis pristinamycine 1 g quatre fois par jour pendant 10 jours, ou minocycline 100 mg deux fois par jour pendant 14 jours en alternative.

Josamycine, roxithromycine, tinidazole et métronidazole isolé appartiennent à d’anciens schémas. Ils ne correspondent pas à la stratégie actuelle de prise en charge de l’infection à M. genitalium.

Situation	Conduite pratique	Traitement ou adaptation
Symptômes d’urétrite, de cervicite ou symptômes persistants après traitement d’une IST.	Prescrire une recherche de Mycoplasma genitalium par PCR ciblée sur le site adapté, avec recherche des mutations de résistance aux macrolides si le test est positif. Rechercher aussi Chlamydia trachomatis et gonocoque selon les sites exposés.	Lorsque les symptômes sont modérés, qu’il n’y a pas de signe de complication et qu’un suivi rapproché est possible, attendre le résultat et la recherche de résistance avant de traiter. Si l’antibiothérapie ne peut pas être différée, demander un avis spécialisé rapide pour un traitement séquentiel guidé par la résistance ; la phase initiale repose sur doxycycline 100 mg deux fois par jour pendant 7 jours.
Infection à M. genitalium documentée, sans mutation de résistance aux macrolides.	Vérifier l’absence de forme compliquée, de grossesse complexe, d’allergie, d’interaction médicamenteuse ou de co-infection à traiter en priorité.	Azithromycine 1 g à J1 puis 500 mg par jour à J2 et J3, soit 2 g au total. L’azithromycine 1 g en dose unique n’est plus le schéma recommandé.
Infection à M. genitalium documentée avec mutation de résistance aux macrolides.	Évaluer les contre-indications aux fluoroquinolones, le risque d’effet indésirable et les signes de complication.	Moxifloxacine 400 mg par jour pendant 7 jours si l’infection est symptomatique et non compliquée. Une forme compliquée, un échec ou une résistance multiple justifient un avis spécialisé.
Recherche de résistance aux macrolides indisponible.	Éviter le traitement automatique. Rechercher les facteurs de risque de résistance : exposition récente aux macrolides, antécédent d’infection à M. genitalium, antécédents d’IST, partenaire porteur d’une souche résistante ou échec d’un traitement antérieur.	Le traitement différé reste préférable. Si le traitement ne peut pas attendre, la HAS propose une conduite individualisée : azithromycine en l’absence de facteur de risque de résistance aux macrolides ; moxifloxacine en cas d’exposition récente aux macrolides, d’antécédent d’infection à M. genitalium, d’échec antérieur, de partenaire porteur d’une souche résistante ou d’autre argument documenté de résistance.
Personne asymptomatique.	Ne pas rechercher systématiquement une infection à M. genitalium. Si une PCR multiplex rend un résultat positif hors indication, rapprocher le résultat des symptômes, du site prélevé et de la raison initiale de la prescription ; une discussion avec le biologiste peut aider à éviter un traitement inutile.	Le traitement automatique n’est pas indiqué. L’exception concerne le partenaire actuel d’une personne ayant une infection à M. genitalium documentée : il est testé, puis traité seulement si le test est positif.
Partenaire actuel d’une personne ayant une infection à M. genitalium.	Proposer un test de dépistage ciblé. Informer sur les rapports protégés ou différés pendant la prise en charge.	Traiter le partenaire seulement si le test est positif, selon le même schéma que le cas index et selon le résultat de résistance lorsqu’il est disponible.
Grossesse.	Évaluer le terme, les symptômes, les co-infections et la gravité clinique. Les formes compliquées relèvent d’un avis spécialisé.	L’azithromycine est privilégiée si une souche sensible aux macrolides est documentée. La pristinamycine peut être utilisée dans certaines situations, et la doxycycline peut être utilisée au premier trimestre selon les recommandations. La moxifloxacine est évitée pendant la grossesse ; un avis spécialisé est nécessaire si résistance aux macrolides, échec ou forme compliquée.
Allaitement.	Tenir compte de l’âge du nourrisson, d’une prématurité éventuelle, du contexte infectieux et de la nécessité réelle du traitement.	La HAS retient l’azithromycine comme seule molécule utilisable pendant l’allaitement dans cette indication. Une résistance aux macrolides, une forme compliquée ou un échec impose une discussion spécialisée.
Allergie, contre-indication ou interaction médicamenteuse.	Identifier la molécule concernée, la gravité de la réaction, les traitements associés, le risque d’allongement du QT et les contre-indications aux fluoroquinolones.	Ne pas substituer empiriquement par un ancien schéma. L’avis spécialisé est recommandé si azithromycine ou moxifloxacine ne peuvent pas être utilisées.
Infection génitale haute probable.	Rechercher douleur pelvienne, fièvre, douleur annexielle, grossesse, abcès tubo-ovarien, sepsis, doute diagnostique et possibilité de suivi rapproché.	Le traitement probabiliste recommandé associe ceftriaxone 1 g en dose unique, doxycycline 100 mg deux fois par jour et métronidazole 500 mg deux fois par jour. Si l’infection à M. genitalium est documentée sans autre agent infectieux, un avis spécialisé est préférable ; la moxifloxacine 400 mg par jour pendant 14 jours peut être discutée.
Orchi-épididymite avec infection à M. genitalium documentée.	Éliminer une torsion testiculaire et rechercher les co-infections, notamment gonocoque et chlamydia. Une douleur aiguë, une fièvre, une altération de l’état général ou une mauvaise évolution imposent un avis rapide.	La moxifloxacine 400 mg par jour pendant 10 à 14 jours peut être discutée après exclusion des co-infections à traiter en priorité. Les recommandations imposent une prudence particulière car les données sont limitées.
Symptômes persistants plus de trois semaines après la fin du traitement.	Rechercher observance incomplète, vomissements, nouvelle exposition, partenaire non traité, co-infection, site non prélevé, résistance ou complication.	Une nouvelle PCR ciblée est réalisée sur le site adapté. Un avis spécialisé est demandé en cas d’échec de l’azithromycine ou de la moxifloxacine, de résistance multiple ou de forme compliquée.

Organigramme décisionnel

Suivi, partenaires et prévention

Le test d’éradication est une nouvelle PCR ciblée après traitement. Il n’est pas systématique si le traitement a été bien conduit et si les symptômes disparaissent.

Il est indiqué si les symptômes persistent plus de trois semaines après la fin du traitement. Un contrôle trop précoce peut être difficile à interpréter, car des fragments d’acides nucléiques bactériens peuvent persister après la mort des bactéries.

Les partenaires actuels doivent être informés, testés et accompagnés. Un partenaire positif est traité comme le cas index, même s’il n’a pas de symptôme. C’est l’unique exception aux recommandations qui ne préconisent pas de dépistage systématique des personnes asymptomatiques.

Les rapports sont protégés ou différés jusqu’à la fin du traitement, la disparition des symptômes et la prise en charge des partenaires. La prévention associe préservatifs ou digues dentaires selon les pratiques, dépistage ciblé des autres IST, vaccination hépatite B si besoin, et discussion de la PrEP VIH ou du TPE VIH selon les expositions.

Livres utiles

Références

1. Haute Autorité de Santé, Conseil national du sida et des hépatites virales, ANRS Maladies infectieuses émergentes. Traitement curatif des personnes infectées par Mycoplasma genitalium. Recommandations. Avril 2025.[↩][↩][↩]
2. Haute Autorité de Santé. Diagnostic biologique des mycoplasmes urogénitaux dans les infections génitales basses. Rapport d’évaluation technologique actualisé. Avril 2025.[↩][↩][↩][↩]
3. Haute Autorité de Santé, Conseil national du sida et des hépatites virales, ANRS Maladies infectieuses émergentes. Traitement curatif des personnes infectées par Mycoplasma genitalium. Recommandations. Avril 2025.[↩][↩]
4. Santé publique France. Prévalences de Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae et Mycoplasma genitalium en France hexagonale, enquête PrévIST 2023. Bulletin épidémiologique hebdomadaire. 2025;19-20.[↩]
5. Jensen JS, Cusini M, Gomberg M, Moi H, Wilson J, Unemo M. 2021 European guideline on the management of Mycoplasma genitalium infections. Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology. 2022;36(5):641-650.[↩][↩]
6. Centers for Disease Control and Prevention. Mycoplasma genitalium. Sexually Transmitted Infections Treatment Guidelines. Updated 2021.[↩][↩][↩]
7. Santé publique France. Prévalences de Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae et Mycoplasma genitalium en France hexagonale, enquête PrévIST 2023. Bulletin épidémiologique hebdomadaire. 2025;19-20.[↩]
8. Antibioclic. Vaginite à Mycoplasme genitalium. Stratégie thérapeutique. Mise à jour du 3 octobre 2025.[↩]